O CmapTools é usado para educação, treinamento, gerenciamento de conhecimento, brainstorming, organização de informações, entre outras aplicações.
O software IHMC CmapTools capacita os usuários a construir, navegar, compartilhar e criticar modelos de conhecimento representados como mapas conceituais. Ele permite que os usuários construam seus Cmaps no seu computador pessoal, os compartilhem em servidores (CmapServers) em qualquer lugar na Internet, liguem seus Cmaps a outros Cmaps em servidores, criem automaticamente páginas da web de seus mapas conceituais em servidores, Editar seus mapas sincronicamente (ao mesmo tempo) com outros usuários na Internet e pesquisar na web informações relevantes para um mapa conceitual
CmapTools é usado em todo o mundo em todos os domínios do conhecimento e por usuários de todas as idades para expressar graficamente sua compreensão. Em particular, CmapTools é usado em escolas, universidades, organizações governamentais, corporações, pequenas empresas e outras organizações, individualmente e em grupos, para a educação, treinamento, gerenciamento de conhecimento, brainstorming, organização de informações, entre outras aplicações. Os recursos de colaboração e publicação fornecem um poderoso meio para representar e compartilhar conhecimento.